三亚珊瑚礁国家级自然保护区位于海南省三亚市南部附近海域，地理位置在东经109°20′50″～109°40′30″和北纬18°10′30″～18°15′30″范围内，保护区总面积85平方千米；实际保护海域、岛礁面积为70.02平方千米；由亚龙湾片区、鹿回头半岛—榆林角沿岸片区和东、西瑁洲片区三个区域组成。各片区分有核心区、缓冲区和实验区。保护区内有东瑁洲、西瑁洲、小青洲、野猪岛、东排礁和西排礁等岛礁。保护区的主要保护对象是造礁石珊瑚、非造礁珊瑚、珊瑚礁及其生态系统和生物多样性。三亚珊瑚礁国家级自然保护区于1990年9月30日由国务院批准设立，是我国第一个国家级海洋生态类型的珊瑚礁保护区。隶属于海南省海洋与渔业厅，海南三亚国家级珊瑚礁自然保护区管理处负责本保护区的保护、建设与管理。保护区管理处内设有综合科、建设管理科、监察科和项目办等科室，下设亚龙湾珊瑚礁保护站、大东海珊瑚礁保护站、鹿回头湾珊瑚礁保护站和东、西瑁洲珊瑚礁保护站。并设有供公共生态教育的珊瑚礁标本展览馆和科学研究的珊瑚礁生态修复极地及配有较全的执法管理、宣教、科研设施及装备等。珊瑚礁是众所周知的生物多样性热点区域，珊瑚礁生态系统被誉为海洋中的“热带雨林”。在珊瑚丛周围栖息和生活的生物，种类繁多，千奇百怪；他们的生活又与珊瑚礁的建成休戚相关。有的种类只能适应珊瑚礁环境，在这以外就不能生存。人们把珊瑚的这些“左邻右舍”归为一类，称为喜礁生物。按照喜礁生物的居住条件，可以把它们大致分为三类：第一类是生活在表面附近的生物，它们能够用自动或被动的方法在水层内活动，如浮游动物和鱼类；第二类是定居在礁表面上的生物、如软体动物、棘皮动物、节肢动物、有孔虫和藻类等，其数量之多，种类之杂，可谓令人称奇。在保护区海域，已经鉴定的造礁珊瑚种类有110余种，分别属于13科、34属和2亚属；其优势种群类型有鹿角珊瑚、杯形珊瑚、脑珊瑚和滨珊瑚等。调查资料显示，在保护区所在海域还发现浮游植物131种，浮游动物80种，鱼类296种，甲壳动物70种，棘皮动物10种，软体动物300多种，大型藻类60余种，软珊瑚30种，柳珊瑚12种，濒危物种还有玳瑁，绿海龟和中华鲎，丰富的珊瑚种类和多样的礁栖生物使三亚成为中国热带海洋生态系统最重要的区域之一。珊瑚作为工艺品，价值一直很高，三亚区域的珊瑚礁体一直存在盗挖盗采的现象，但是，盗挖盗采对珊瑚退化影响比例不是最大的，大型海洋工程建设对于三亚珊瑚礁破坏却是致命的，比如说亚龙湾基地、榆林湾基地的建设，水动力改变较大；其次陆源的污染源、河口的雨水污水等破坏也是很大的；再次就是人类直接的破坏，比方不正确的潜水。海南省珊瑚礁保护法管理规定，有相关的执法标准，处罚标准。但是整个来看，依据处罚犯罪成本比较低，震慑作用比较小。三亚珊瑚礁自然保护区的地理位置与别的保护区差别很大，这里属于热带滨海城市的中心区，是整个三亚地区生态自然条件最好的地方，也是开发旅游价值最好的区域。因此，保护区处于三亚社会经济发展与自然环境保护的风口上。保护区的工作任重而道远。，三亚近岸海水环境修复，三亚97%是一类水质，个别港湾、水交换差的是二类水质，但是三亚河口附近水质有的时候是四类，甚至劣四类。水质的下降城镇生活污水、农业污染源等都是很重要的几个来源。良好的生态环境是三亚持续发展的核心竞争力，符合三亚发展实际的“多规合一”将确定生态保护区、永久基本农田等各类管控红线，确定城市开发边界，优化出山川河流、海洋岸线的保护与开发并举的最优尺度，并在过去多个规划的内容冲突、衔接不足中挖掘出可利用的土地资源。这些政策的出台，对于三亚的珊瑚礁保护都是极好的消息。
