藻缸是一个蓄水槽或象底缸一样的隔离区域，这里用来饲养各种不宜放在展示缸内的海藻，以消耗水族箱内多余的营养盐。 最常见的用途是容纳巨藻的生长，定期收割，以去除系统内多余的营养盐分。许多巨藻在展示缸内会迅速吸附在活石上，引发一些列问题，因此最好将它们移植到藻缸内。另外，很多鱼类以藻为食，藻类被消耗的速度有可能超过其生长的速度。 另一个用途是容纳小型生物，如片脚类动物amphipods，桡脚类动物copepods，糠虾mysid shrimp等等。它们可以进入展示缸成为鱼类和珊瑚的食物源。这些小型生物在展示缸内会很快被鱼类消灭，因此无法在展示缸内迅速繁殖。